平成23年11月に公表され、内閣に送付された会計検査院の「平成22年度決算検査報告の概要」の中で「社会保険診療報酬の所得計算の特例に係る租税特別措置」について、是正を求める意見表示がなされている。
上記特別措置は、小規模医療機関の事務負担軽減のため、社会保険診療報酬の金額が各年5千万円以下の医業事業者が、その原価を実際の支出経費の合計額でなく、所定の経費率により算出される概算金額をもって必要経費として計上することを認めているもの。会計検査院によると、自由診療の収入を合わせると1億円以上の医業収入の特例適用者も6人おり、また、特例適用者の多くが実際の経費と概算経費を計算した上で有利な方を選んでいると見受けられることから、小規模事業者の事務負担軽減という本来の目的から外れてきていると指摘している。
上記の検査報告を踏まえ会計検査院は、特例が適用されない事業者との公平性を保つうえでも、厚生労働省、財務省に改善のための検討を行うなどの措置を講ずるよう意見を表示している。
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